Po divokém tanci Gemini VIII zůstala operátorům v rukou Agena 5003, kterou s velkou dávkou duchapřítomnosti aktivoval Dave Scott krátce předtím, než se od ní s Armstrongem odpojili. Agenu se podařilo během jednoho orbitu stabilizovat a nyní čekala na svůj další osud. Zpočátku nebyl ještě úplně vyloučen podíl GATV na problémech Gemini, nicméně tato možnost byla stále více nepravděpodobná a Agena se chovala velmi způsobně. Nyní bylo třeba rozhodnout, co s ní provést dále. Původně se počítalo s tím, že by mohla posloužit jako cíl pro některou z následujících misí, samozřejmě coby čistě pasivní mrtvé těleso. Nyní však byla Agena ještě na začátku své aktivní životnosti, její baterie byly nabité a nádrže téměř plné, proto se její konstruktéři a operátoři rozhodli vyzkoušet, co se dá. Astronauti už byli dávno na zemi, když GATV 5003 přibližně 21 hodin a 47 minut po svém startu na pokyn ze Země zažehla svůj motor při manévru, jenž měl změnit inklinaci z 28,89 ° na 30,60 °. Ovšem na konci manévru řídicí středisko s překvapením zjistilo, že zatímco inklinace se změnila o žádanou hodnotu, apogeum se zvedlo o 218 kilometrů! Za chybou podle rychlé analýzy měla stát chyba v kalkulaci těžiště Ageny, ovšem při dalším manévru, jenž měl stroj vrátit na dráhu s inklinací 28,89 ° a napravit chybnou výšku apogea, Agena opět skončila na vyšší dráze, než bylo v plánu. Problém byl nakonec nejen v chybně zadaném těžišti, ale také v elektronice pneumatického systému. Během dalších manévrů operátoři postupně dokázali adaptovat své postupy a Agenu dostat na zamýšlenou dráhu. Celkem vykonala Agena 5003 během necelých dvou dnů deset manévrů, přijala 5 439 dálkových příkazů a potvrdila fakt, že v dramatu Gemini VIII byla zcela nevinným účastníkem. Po vyčerpání pohonných látek a s tenčící se zásobou elektrické energie byla ponechána na parkovací dráze a bylo s ní přerušeno spojení. Jediným aktivním prvkem zůstala navigační světla, jež se měla automaticky rozsvítit 17. července 1966, tedy 123 dní po startu. Byla to však spíše jen znouzectnost – bylo velmi nepravděpodobné, že by baterie v té době ještě byly schopny dodávat byť jen minimální množství energie. Zda se světla skutečně rozsvítila, to se nikdo nedozví. Lidské oči totiž GATV spatřily až o tři dny později…