Téměř okamžitě po skončení lunárních misí byl Young jmenován šéfem odboru pro Space Shuttle v rámci kanceláře astronautů. Ze své pozice měl zajišťovat koordinaci mezi vývojáři a astronauty a prezentovat oběma stranám problémy a závěry, na které jedna nebo druhá strana narazila. O jeden stupínek pod ním stál TK Mattingly, coby šéf podpory kanceláře astronautů pro Space Shuttle. Youngovým nadřízeným byl šéf kanceláře astronautů Al Shepard. Ovšem Al už byl víceméně na odchodu, ve svém věku ani na okamžik nepochyboval, že už nikdy nepoletí. Když pak v prosinci 1973 Al oznámil, že v létě příštího roku odejde z NASA, nastalo hledání nového šéfa oddílu astronautů. V lednu 1974 pak padlo jméno vybraného kandidáta: John Watts Young. Ujal se své funkce nejdříve dočasně a na konci dubna byl jmenován definitivně. Tím začalo dlouhých 12 let, během kterých měl Young na starosti všechny důležité záležitosti, které se týkaly jeho kolegů: od rozhodování, kdo stráví „týden v sudu“, tedy kdo bude daný týden k dispozici médiím, přes organizaci výcviku a nábor nových členů až po jmenování