Když v říjnu 1965 selhala během startu Agena 5002, nastalo na Mysu Kennedy období horečné činnosti. Mezi vyjednáváním podpory konceptu letu dvou Gemini, přeplánováváním, demontáží jednoho nosiče a sestavování jiného, kalkulacemi, testováním a nácviky, si technický ředitel programu Gemini u McDonnellu John Yeardley pozval špičky pilotovaného programu NASA na svůj motelový pokoj k poradě. Yeardley byl mužem neortodoxních, avšak velmi dobře proveditelných nápadů. Právě on stál za přeplánováním mise Gemini VI na Gemini VI-A a rendez vous s Gemini VII. Nyní měl další ideu, která by se teoreticky mohla velice hodit: pokud se problémy s Agenou protáhnou a bude hrozit skluz v letovém rozvrhu, bylo by dobré mít nějakou alternativu. Co takhle přimontovat k dokovacímu adaptéru GATV kus čumáku? Nebylo by sice možné létat na vysoké orbitální dráhy, jako tomu bylo v případě využití GATV coby „posunovací lokomotivy“, nicméně nácviky sblížení a spojování s cílovým tělesem by se hodit rozhodně mohly. Přítomní byli plánem na „cíl chudého muže“ nadšeni a ATDA („Augmented Docking Target Adapter – rozšířený cílový a dokovací adaptér“) dostal zelenou. Na jaře

9. listopadu 1965 byla oznámena nominace pro křesla v lodi Gemini IX. Hlavní posádkou byli jmenováni Elliot See z druhého náboru (New Nine) a Charlie Bassett z třetího náboru. Po Neilu Armstrongovi se měl Elliot See stát teprve druhým civilistou, jenž velí kosmické lodi. Záložní posádkou byl jmenován Tom Stafford a Gene Cernan. Kuriózní na celé věci bylo, že v té době se Stafford teprve chystal na svůj let s Wallym Schirrou při misi GT-6A. Proto zpočátku nejvíce práce zastal Gene Cernan, nováček ze třetího náboru. Až poté, co se Stafford vrátil z úspěšné mise a prošel tradičním společenským oslavným kolečkem, mohl se naplno zapojit do výcviku pro svou první misi v roli velitele. Zatímco výběr Stafforda, Bassetta a Cernana do oddílu astronautů byl ostatními uznáván jako opodstatněný, u Elliota Seeho tomu tak zcela nebylo. Podle vzpomínek Deke Slaytona bylo zařazení Seeho do oddílu jedinou personální chybou, které se během své éry šéfastronauta dopustil. See, ač velmi přátelský, milý a zkušený, nebyl na stejné úrovni s ostatními ani ohledně fyzické kondice, ani ohledně pilotních schopností,

Za rok 1965 si díky programu Gemini mohla NASA připsat několik důležitých kroků na cestě k Měsíci. Podařilo se vyzkoušet novou vícemístnou loď, poprvé byl použit palubní počítač a palivové články, astronauti vykonali několik dlouhodobých misí se zvyšující se délkou letu, Američan poprvé vystoupil do volného prostoru, posádky a řídicí středisko si měly možnost nacvičit setkání s druhým tělesem na orbitu, v jednom případě se dvě Gemini navzájem přiblížily na pár decimetrů a létaly ve formaci přes pět hodin. V roce 1966 stálo před NASA ještě několik úkolů. Nejdůležitějším bylo zvládnutí práce v otevřeném prostoru. Ed White během své krátké EVA žádnou smysluplnou činnost nevykonával, nicméně zdálo se, že žádné velké „pasti“ se v tomto ohledu konat nebudou. Druhým důležitým úkolem bylo spojení s druhým tělesem. Přestože mise GT-5 a GT-6A prokázaly, že setkání na orbitu je možné, chybělo ještě finální potvrzení – fyzické spojení s Agenou. Oba tyto úkoly spadly do klína první misi roku 1966. Ovšem o zvraty a drama v tomto případě rozhodně nebyla nouze…

Start mise GT-7 nebyl na rozdíl od předešlých případů signálem k rozvolnění pracovního tempa pozemních týmů. Naopak, okamžitě poté, co Titan s Gemini VII opustil rampu a konstrukce byla alespoň trochu ochlazena, nastoupily týmy údržbářů a techniků, aby zjistily, jaká poškození start způsobil a mohly začít s úklidem a opravami. Osm a půl minuty po startu mohl CapCom Elliot See informovat Bormana s Lovellem: „Gemini VII, tady Houston. Už začali s úklidem rampy!“ Astronauti, v té chvíli zabraní do náročných úkonů letu ve formaci s druhým stupněm Titanu, nijak nereagovali. Nicméně další dvojice astronautů zprávu rozhodně uvítala. Wally Schirra a Tom Stafford byli velmi potěšeni zprávami, že rampa utrpěla jen minimální poškození a nic nebrání vytažení „jejich“ Titanu z dočasného úložiště a jeho vztyčení na rampě. Den po startu Gemini VII, brzy ráno 5. prosince 1965, byl Titan ještě za hluboké tmy skutečně přivezen k rampě. Nejprve byl z horizontální polohy vztyčen první stupeň, na něj byl usazen druhý stupeň a nakonec i loď. Během jednoho dne stačili technici zvládnout kompletaci startovní sestavy Titan/Gemini, provést nezbytná propojení a vykonat simulovaný letový test.

Na pozadí příprav a změn letu GT-6 probíhalo také finále výcviku posádky letu GT-7, Franka Bormana a Jima Lovella. Tato mise měla být zatím nejdelší misí v dějinách vůbec. Dvoutýdenní trvání mělo simulovat nejdelší předpokládanou délku lunární expedice. Přestože čtyřdenní let McDivitta a Whitea v červnu a osmidenní let Coopera a Conrada v srpnu toho roku dal odpovědi na mnohé otázky, jež trápily lékaře, plánovače i tým řídicího střediska, dva týdny na orbitu – to byl poměrně značný skok. Krom fyziologických procesů byly předmětem zájmu také palivové články, jejichž funkce předurčovala trvání letu, a v neposlední řadě také – pro některé možná překvapivě – otázka odpadu. V kokpitu Gemini skutečně nebylo místa nazbyt a objem odpadu (například prázdných obalů, fyziologického odpadu, použitých hygienických potřeb a podobně), který dokáží astronauti za čtrnáct dní vyprodukovat, byl značný. Zkušenosti z letu Gemini V dávaly tušit, že právě šetrné nakládání s prostorem v lodi bude jedním z klíčových aspektů nadcházející mise…

Cooperova a Conradova mise GT-5 mimo rekordní výdrže ukázala, že Gemini s vycvičenou posádkou je schopna vykonat rendez vous na orbitu. Byť bylo sblížení s jiným tělesem vzhledem k okolnostem pouze simulované, znamenalo zvládnutí příslušných manévrů velký pokrok. Bylo však nutné prověřit koncept setkání na obitální dráze naostro. Bez tohoto kroku nebylo možné uvažovat o cestě na Měsíc. Schéma LOR, tedy setkání na lunárním orbitu, jež bylo vybráno jako nejschůdnější varianta lunárních misí, znamenalo, že dokonale zvládnuté rendez vous je naprosto nezbytným a životně důležitým prvkem budoucích letů na povrch Luny. Pokud by se astronauti v lunárním modulu nedokázali po vzletu z povrchu spojit s mateřskou lodí, znamenalo by to jediné: rozsudek smrti. Hlavním posláním další mise GTA-6 mělo tak být provedení rendez vous a spojení s cílovým tělesem GATV, všechno ostatní bylo podružné. Mělo se jednat o svého druhu výjimečnou misi z několika důvodů. Její trvání mělo být omezeno maximálně na dva dny, měla to být poslední mise, během níž se Gemini jako na zdroj energie spoléhala výlučně na baterie a také se

Třetí pilotovaný let Gemini měl být evolucí cílů, jež více či méně úspěšně splnila mise GT-4. Strašák reakce lidského organismu na dlouhodobý pobyt ve vesmíru byl z velké části pryč, proto dalším krokem bylo navýšení doby trvání letu. Loď Gemini V měla setrvat na orbitu osm dní, tedy dvojnásobek oproti předcházející misi. Osmidenní let byl zvolen proto, že přibližně stejnou dobu měly trvat cirkumlunární mise. Pro tak dlouhý let nebylo možné hlavně z hmotnostního hlediska využívat klasické baterie, proto měla být Gemini V první lodí, na jejíž palubě byly umístěny dva funkční palivové články. Dalším bodem programu měl být nácvik rendez vous na orbitu. Gemini V nesla poprvé radar a podle plánů z roku 1963 měla být také první lodí, jež se měla na orbitu setkat s cílovým tělesem Agena. Nicméně práce na GATV, jak byla Agena-D v konfiguraci cílového tělesa pro Gemini označována, se neúměrně protahovaly. První exemplář GATV 5001 poslala firma Lockheed na Floridu v květnu 1965, ovšem vinou nejrůznějších problémů a diskrepancí v konstrukci mohl posloužit pouze jako pozemní

Mise Gemini IV měla znamenat v mnoha ohledech jistý přelom v pilotovaném programu USA. Prvotní plány pro druhý pilotovaný let Gemini nalinkované v dubnu 1963 počítaly s dlouhodobou misí o trvání až 7 dní, čímž by byl překonán dosavadní rekord sovětského Vostoku-5. Pro tak dlouhý let by musela být připravena technika včetně palivových článků, protože baterie by nebyly schopny po tak dlouhou dobu zásobovat loď energií. Proti týdenní misi se však postavil Dr. Charles Berry, šéflékař oddílu astronautů. Podle něj byl skok z pěti hodin u Gemini 3 na 168 hodin u následující mise příliš velký. Berry proto požadoval zkrácení mise na polovinu. Do karet mu hrál i problematický vývoj zmíněných palivových článků, s nimiž měl výrobce, firma General Electric, velké problémy. V srpnu 1964 pak šéf GPO Chuck Mathews skutečně oznámil vedení NASA, že mise druhého pilotovaného letu bude čtyřdenní. Dr. Chuck Berry nebyl spokojen ani s touto délkou letu, nakonec však dal svůj souhlas. I tak měla být tato mise zatím nejdelší v americké historii. Mezitím se však v letovém plánu objevil jeden

Když se na podzim roku 1963 šéfastronaut Deke Slayton rozhodoval o obsazení křesel v prvních misích programu Gemini, měl na výběr celkem dvanáct astronautů. Tři zbyli z původní sedmičky Mercury a doplňovalo je devět mužů z druhé skupiny zvané „The New Nine“. Čtrnáct astronautů ze třetího náboru teprve začalo se základním výcvikem a pro rané mise Gemini tedy byli zatím nepoužitelní. Křeslo velitele první mise pochopitelně mělo připadnout zkušenému a schopnému astronautovi, proto Slayton zvolil Ala Sheparda. Pilota mu měl dělat Tom Stafford, člen „Nové devítky“. Záložní posádku mělo tvořit duo veterán Gus Grissom / nováček Frank Borman. Jenže, jak se říká, člověk míní… Personální obsazení letu vzalo zasvé koncem roku, kdy byl Shepard „uzemněn“ s diagnózou Ménièrův syndrom. Na místo Sheparda a Stafforda se posunula záložní posádka. Problém byl ale v tom, že Gus Grissom si evidentně příliš nerozuměl s Frankem Bormanem. Borman po letech vzpomínal na to, jak jej Grissom pozval k sobě domů na večeři, a přestože měl Frank z večera poměrně dobrý pocit, Grissom posléze dal najevo, že s ním nechce