Jelikož při prvních misích Apollo nikdo netušil, zda s sebou astronauti z Měsíce nevědomky nepřivezli nějakou skrytou hrozbu, musela být velká pozornost věnována způsobu, jak zacházet s astronauty po návratu z Měsíce. Výsledkem byl proces, který měl co nejvíce omezit kontakt nechráněné posádky a přivezeného nákladu s pozemským prostředím. Součástí prvních misí proto byla i karanténa, ve které posádky strávily několik dní. I tady ale platilo, že čím více jsme se o Měsíci v průběhu jednotlivých misí dozvídali, tím více se zprvu striktní pravidla uvolňovala.